Всё оказалось намного интереснее
Если запускать траинз кнопкой из CMP, он мне запускает копию ТРС со всеми дополнениями, но без тех маршрутов, что делал раньше, и с другими настройками. Если же запускать экзешник в единственной папке с траинзом, то запускается привычно настроенная версия, с созданными ранее маршрутами но не подвергающаяся изменениям со cтороны CMP.
Я, честно говоря, в недоумении.