1. Это потому что при слиянии по
J была выделена деталь с пивотом по своему центру - надо поправить, можно весь ЛОД:
Part--> Center axis--> To original. И пивот встанет правильно - в исходный центр координат.
2. И в 1 ЛОД-е тоже: при слиянии выделять выбранную "родительскую" часть, настроить пивот как в п.1, и нажимать
J.
3. С кубиком поступать так же.