3 вагона - это допустимый минимум. В Москве, конечно, редкость, трехвагоный поезд можно встретить разве что на Бутовской линии
Кроме того, по 3 вагона могут дать, например, в качестве сопровождения путеизмерителя/дефектоскопа, при перегонке неисправного вагона в ремонт.
В пассажирской эксплуатации 3-вагонные поезда из номерных есть, например, в Днепропетровске, в 1980-х были в Новосибирске.
В Ереване, вопреки правилу, работают поезда из 2 голов.